Oblast využití mikroskopu s ohledem na jeho název

Optický mikroskop -  je mikroskop, v němž je obraz zvětšován dvěmi sadami spojných čoček: objektivem a okulárem. V biologii se pro účely optické mikroskopie užívají objektivy různé síly, tj. různé zvětšovací schopnosti; okulár již jen zvětšuje obraz vržený objektivem.

Fluorescenční mikroskop - používá se zde ultrafialových paprsků, z elektrických obloukových lamp nebo ze rtuťových výbojek, které vyvolají světélkování předmětu v mikroskopu. Při osvětlení předmětu světlem, které nedopadá do objektivu, lze mikroskopem pozorovat částice průměru asi setiny mikronu, avšak nelze rozeznat jejich tvar.

Ultramikroskop - zkonstruoval v roce 1903 H. Siedentopf a R. Zsigmondy. Pro zobrazení ještě menších částic je třeba použít místo světelných paprsků proudu elektronů, které se uvolňují ze žhavých kovů uvedených na záporný potenciál. Proud elektronů prochází elektromagnetickými čočkami, tj. elektromagnetickým polem, které umožňuje měnit směr pohybu elektronů.

Elektronový mikroskop - pracuje s proudem elektronů ve vakuu. Proud elektronů – záření velmi malé vlnové délky. Rastrovací elektronový mikroskop - pracuje tak, že na vzorek je posílán tenký svazek elektronů, který dopadá postupně na všechna místa vzorku. Odražený (emitovaný) paprsek se převádí na viditelný obraz. Viditelný obraz se pak vytváří na fluorescenčním stínítku.

Mikroskop interferenční - využívá se zejména v technické praxi, např. ve strojírenství.

Polarizační mikroskop - je určen pro studium optických vlastností krystalů. Tento mikroskop má v osvětlovacím zařízení a v tubusu zařazeno dvojí polarizační zařízení (analyzátor, polarizátor), které je otočné kolem optické osy mikroskopu.

Stereoskopické mikroskopy - dávají „trojrozměrný“ plastický obraz.